Sekolah YPKB Depok percaya bahwa nilai-nilai tidak dapat diajarkan secara spontan, perlu dikembangkan di semua bidang pendidikan baik di dalam dan di luar kelas. Semua jenjang dari PG hingga Tingkat Menengah mendefinisikan program mereka sendiri untuk mendukung penanaman nilai-nilai sekolah. Nilai-nilai sekolah juga ditanamkan dalam rutinitas sehari-hari melalui kegiatan belajar.